Neben der umfangreichen Dauerausstellung sind im Museum regelmäßig Sonderausstellungen zu sehen.
2023 steht im Museum im Zeichen der Bahn: Das 150. Jubiläum der Zugverbindung Eutin-Lübeck ist Thema der Ausstellung „Bis ans Ende der Welt…“
Im April 2022 wurde die Sonderausstellung DIE STURMFLUT Vor 150 Jahren: Das verheerende Hochwasser an der Ostseeküste am 12./13. November 1872 eröffnet, die nicht nur die schrecklichen Ereignisse dieser bisher höchsten Ostseesturmflut dokumentiert, sondern auch die Folgen des Klimawandels und Meeresanstiegs für unsere Küsten beleuchtet.
2021 war ein Jubiläumsjahr für drei Orte in der Gemeinde Scharbeutz. Aus diesem Anlass gab der Verein für Regionalgeschichte das Buch Drei Dörfer in Ostholstein. Der lange Weg vom Mittelalter ins 21. Jahrhundert: 800 Jahre Pönitz – 750 Jahre Scharbeutz – 750 Jahre Schürsdorf heraus und zeigte dazu eine gleichnamige Ausstellung.
2020 jährte sich das Ende des Zweiten Weltkriegs zum 75. Mal. Die Sonderausstellung
1945 – Kriegsende und Neubeginn – Die Lübecker Bucht vor 75 Jahren
widmete sich den schwierigen Jahren des Aufbruchs in eine neue Zeit.
Das Jubiläum 100 Jahre Bauhaus war Thema der viel beachteten Ausstellung Bauhaus an der Ostsee im Jahre 2019, in deren Mittelpunkt die Werke der Architekten Hugo Häring und Wilhelm Bräck sowie des Gartenarchitekten Harry Maasz standen.